Muzej je osnovan 1963. godine, a otvoren za javnost 1966. g. Smješten je u palači Garagnin koja je okarakterizirana romaničkim i baroknim stilom. Stalni postav Muzeja prikazuje povijesna kretanja, umjetničke stilove te svakodnevicu grada od srednjeg vijeka do danas.
Antičko razdoblje započinje poviješću grčkog naselja Traguriona u 3. st. pr. Krista, potom rimskog Traguriuma, predstavljene odljevom Kairosa i Žene pri radu, ulomcima helenističkih posudica s Čiova, staklom, lucernama, rimskim novcem, amforama, urnama, kamenim natpisima… Izložen je i dio nalaza što ih je Ivan Luka Garagnin (1764. – 1841.), kao jedan od prvih konzervatora, pronašao tijekom arheoloških iskopavanja po Saloni.
Razdoblje od 13. do 16. st., vrhunac društvene, gospodarske, kulturne i umjetničke moći Trogira, predočeno je uporabnim predmetima, zapisima općinske pisarnice o svakodnevnom životu, arhivskom i tiskanom građom – djelom Plinija Starijeg u talijanskom izdanju De la historia naturale; Titusa Petronija Arbitri fragmentum nuper Tragurij repertum (Padova, 1664.); rukopisnom knjižicom o prodaji trogirskih mlinica (17. st.); prvim izdanjem Statuta (1708.), kojeg je za tisak priredio Ivan Lucić, otac hrvatske historiografije; matrikulom bratovštine sv. Kuzme i Damjana i dr.
Osobito je zanimljiv drveni pijetao, ratni trofej Alviza Cippica skinut s pramca turske lađe pokraj Lepanta 1571. g.
Slijedi prikaz salona plemićkih obitelji 17. – 18. st., predstavljen originalnim namještajem obitelji Garagnin iz 18. st. i tadašnjim uporabnim i ukrasnim predmetima.
Iz 19. st. izdvaja se odjeća (frak i prsluk) koju je Garagnin kao predvodnik izaslanstva nosio tijekom posjeta Parizu 1806. g. Pomorsku tradiciju predstavljaju četiri slike jedrenjaka, čiji je autor Bartul Ivanković. Razdoblje austrijske vlasti (1814. – 1918.) prikazano je dokumentima, fotografijama, razglednicama, odjećom i portretima koji vjerno ilustriraju način života i razmišljanja onodobnih Trogirana. U sobi posvećenoj poznatom renesansnom kiparu Ivanu Duknoviću (1440. – 1509.), rodom iz Orihovice, nedaleko od Trogira, izloženi su glasovita Bogorodica s djetetom i Putto grbonoša s portala palače Cippico (15. st.), djela izuzetne važnosti za hrvatsku povijest umjetnosti.
U Muzeju se nalazi bogata biblioteka obitelji Garagnin-Fanfogna koja čuva knjižnu građu od inkunabula do sredine 20. st., a nastala je zaslugom I. L. Garagnina. Tijekom 19. st. preseljena je u prostorije u kojima se i danas nalazi, s oslikanim stropovima i namjenski izrađenim drvenim ormarima za knjige. U knjižnici se nalaze djela iz svih područja ljudskog znanja, a među njima se nekoć nalazio i poznati spis tzv. Pacta Conventa, tj. Qualiter (danas se čuva u Budimpešti), koji govori o ugovoru hrvatskog plemstva s ugarskim vladarom.
Postav etnografske zbirke, kojom dominira tkalački stan, predočuje život trogirskih pučana te stanovništva zagorskog dijela gradskog zaleđa (izložen je namještaj Zagore, bačvarski i brodograditeljski alat, i uporabni predmeti).
Izlošci u Lapidariju prate povijesna i stilska razdoblja od antike do baroka. U prostoru su vidljivi arheološki nalazi – kasnoantička grobnica te helenističko i srednjovjekovno ziđe.
Iz antike potječu grčki i rimski ulomci (antičkog sarkofaga s prikazom dionizijske povorke, reljefa Silvana – delmatskoga pastirskog božanstva, reljefa s likom Herakla, antičkog sarkofaga s likom Ahileja), dijelovi ranokršćanskih sarkofaga, oltarnih pregrada, pilastara… U najvrednijem, renesansnom dijelu postava Lapidarija, izložena su djela Andrije Alešija, Nikole Firentinca te Ivana Duknovića, kipara koji su obilježili trogirsko renesansno razdoblje, te arhitektonski ulomci javnih i crkvenih objekata (škropionica, kamene ograde, ulomci crkvenog namještaja iz crkve sv. Duha…).
Barok ilustriraju oltar kućne kapelice palače Garagnin-Fanfogna, ulomci sa zgrade Zdravstvenog ureda – OFFITIUMA SALUTIS, rad Ignacija Macanovića i dr.
U Galeriji Cate Dujšin-Ribar (1897. – 1994.) izložen je dio radova što ih je slikarica darovala svom rodnom gradu, većinom pejzaža s čestim motivom masline te portreta prijatelja i rodbine.
Zbirka keramike Zlate Radej (1922.) obuhvaća skulpture, reljefe i uporabne predmete koje je autorica darovala Muzeju.
D. Šabić